Bên cạnh vai trò của ông trong lịch sử phát triển của thiên văn học và triết học tự nhiên, Kepler cũng có một vị trí nổi bật trong triết học và lịch sử khoa học. Kepler với những định luật chuyển động hành tinh của mình là trung tâm của những tác phẩm đầu tiên về lịch sử thiên văn và toán học như Histoire des mathematiques (Lịch sử toán học, 1758) của Jean-Étienne Montucla và Histoire de l’astronomie moderne (Lịch sử thiên văn hiện đại, 1821) của Jean-Baptiste Delambre. Chúng cũng như các nghiên cứu khác viết dưới nhãn quan Thời kỳ Khai sáng thường xem xét các lập luận siêu hình và tôn giáo của Kepler với óc hoài nghi và sự phản đối, nhưng các triết gia tự nhiên thời sau đó thuộc chủ nghĩa lãng mạn (thế kỷ 19) coi chính những yếu tố này là trung tâm thành tựu của ông. William Whewell, trong cuốn sách gây ảnh hưởng History of the Inductive Sciences (Lịch sử Khoa học Quy nạp, 1837) xem Kepler như là nguyên mẫu của thiên tài khoa học quy nạp; và trong cuốn Philosophy of the Inductive Sciences (Triết học Khoa học Quy nạp, 1840), Whewell tiếp tục gọi Kepler là hiện thân của những dạng tiến bộ nhất trong phương pháp khoa học. Tương tự, Ernst Friedrich Apelt—người đầu tiên nghiên cứu rộng rãi các bản thảo Kepler, sau khi Ekaterina II của Nga mua chúng—xác định Kepler là chìa khóa của Cách mạng khoa học". Apelt, người xem toán học, tính nhạy cảm mĩ học, ý tưởng vật lý, và thần học của Kepler như một phần của một hệ thống tư tưởng thống nhất, tạo nên phân tích bao quát đầu tiên về cuộc đời và sự nghiệp Kepler.[86]

Các bản dịch hiện đại của một số trong những sách của Kepler vào cuối thế kỉ 19 và đầu thế kỉ 20, trong khi việc công bố các hệ thống các tác phẩm chọn lọc của ông bắt đầu từ năm 1937 (và tới đầu thế kỉ 21 đã gần như hoàn thành), trong khi tiểu sử Kepler của Max Caspar in năm 1948.[87] Tuy nhiên, công trình của Alexandre Koyré về Kepler mới là dấu mốc quan trọng tiếp theo, sau Apelt, trong quá trình diễn dịch vũ trụ học Kepler và ảnh hưởng của nó. Trong những năm 1930 và 1940, Koyré và một số những sử gia chuyên về khoa học khác, đã mô tả Cách mạng khoa học thời cận đại là sự kiện chủ chốt trong lịch sử khoa học. Koyré xếp lý thuyết của Kepler, hơn là công trình thực nghiệm của ông, vào tâm điểm của sự chuyển dịch tinh thần từ thế giới quan cổ đại sang hiện đại. Từ những năm 1960, khối lượng nghiên cứu về Kepler tăng mạnh, bao gồm những nghiên cứu về chiêm tinh và khí tượng học của ông, các phương pháp hình học, cũng như vai trò của quan điểm tôn giáo trong nghiên cứu của ông, các phương pháp văn học và hùng biện, giao tiếp của ông với những dòng chảy văn hóa và triết học rộng lớn hơn của thời đại đó, và thậm chí cả vai trò của ông như một sử gia khoa học[88]

Cuộc tranh cãi về vị trí của Kepler trong cuộc Cách mạng Khoa học cũng sản sinh ra hàng loạt cuộc luận bàn triết học lẫn đại chúng. Trong số chúng có tầm ảnh hưởng lớn phải kể đến The Sleepwalkers (Những kẻ mộng du, 1959) của Arthur Koestler, trong đó Kepler rõ ràng là người anh hùng (cả về đạo đức, thần học, lẫn trí tuệ) của cuộc cách mạng.[89] Các triết gia khoa học-như Charles Sanders Peirce, Norwood Russell Hanson, Stephen Toulmin, và Karl Popper-liên tục nhắc tới Kepler: các ví dụ về tính bất khả sánh, suy luận loại suy, tính khả kiểm, và nhiều khái niệm triết học khác đã được tìm thấy trong các tác phẩm của Kepler. Nhà vật lý Wolfgang Pauli thậm chí còn dùng tranh cãi quyền tác giả giữa Kepler với Robert Fludd để khám phá những ngụ ý của tâm lý học phân tích đối với nghiên cứu khoa học.[90] Một tiểu thuyết lịch sử có ít nhiều hư cấu được đánh giá cao của John Banville, Kepler (1981), khám phá nhiều đề tài được phát triển trong tường thuật phi tiểu thuyết của Koestler và triết học khoa học[91]. Chứa nhiều hư cấu hơn là một tác phẩm phi tiểu thuyết khác, Heavenly Intrigue (tạm dịch: Mưu mô Bầu trời, 2004), đề xuất rằng Kepler đã mưu sát Tycho Brahe để chiếm đoạt dữ liệu.[92] Kepler mang một hình ảnh đại chúng như là biểu tượng của tính hiện đại khoa học và một người đi trước thời đại mình; tác giả phổ biến khoa học Carl Sagan mô tả ông là "nhà vật lý thiên văn đầu tiên và nhà chiêm tinh khoa học cuối cùng".[93] Kepler cũng xuất hiện trong nhiều tác phẩm nghệ thuật khác, chẳng vở opera Die Harmonie der Welt và bản giao hưởng cùng tên của Paul Hindemith.[94]

Để vinh danh Kepler, bên cạnh những định luật và khái niệm toán học mang tên Kepler đã nhắc trong bài, rất nhiều địa danh, đường sá, sự kiện,... được đặt theo tên ông. Ở Áo, năm 2002 hình ông được đúc trong một đồng xu euro tưởng niệm, mà giới sưu tập gọi là đồng 10-euro bạc Johannes Kepler[95]. Ở New Zealand có dãy núi Kepler và con đường Kepler xuyên qua dãy núi là một địa điểm thu hút khách du lịch.[96] Tên ông cũng được đặt cho một số trường học như Cao đẳng Kepler (Seattle), Trường Ngữ pháp Johannes Kepler (Praha), Đại học Johannes Kepler Linz,... Đặc biệt, rất nhiều tên trong lĩnh vực thiên văn được đặt theo tên ông, bao gồm các hố va chạm trên Mặt Trăng, Sao Hỏa, tiểu hành tinh 1134 Kepler, hành tinh ngoài hệ Mặt Trời Kepler-22b ATV, Đài thiên văn không gian Kepler,...[97]

Kepler được kính nhớ cùng với Copernicus vào ngày 23 tháng 5 trong lịch phụng vụ của Giáo hội Giám nhiệm (Hoa Kỳ).[98]